魚菜共生系統(tǒng)是一種可持續(xù)發(fā)展的水產養(yǎng)殖系統(tǒng)，通過建立生物循環(huán)系統(tǒng)，同時種植蔬菜和魚類，從而達到節(jié)約水資源、降低氮素排放、增加食物產出等多重目的。然而，魚菜共生系統(tǒng)也存在以下一些問題：
      1、養(yǎng)殖密度過高：為了提高魚類和蔬菜的生產效率，有些魚菜共生系統(tǒng)可能會采用過高的養(yǎng)殖密度，導致水質長期處于不穩(wěn)定狀態(tài)，影響?zhàn)B殖效果。

      2、飼料質量差：許多魚菜共生系統(tǒng)會采用廉價的飼料，這些飼料的成分和質量難以保證，可能會引起水環(huán)境的污染，并增加養(yǎng)殖成本。

     3、病蟲害防治問題：對于某些病蟲害的防治，化學藥物和某些農藥可能會危害到水質和環(huán)境，從而影響?zhàn)B殖效益。
     4、水質監(jiān)測不足：定期監(jiān)測水質、排放和氮素循環(huán)等參數對于魚菜共生系統(tǒng)的運行非常重要。然而，由于缺少專業(yè)的水質監(jiān)測設備和專業(yè)人員，許多魚菜共生系統(tǒng)未能進行充分的水質監(jiān)測和排放監(jiān)測，難以有效控制養(yǎng)殖過程中的各項指標。
     5、土壤污染問題：在魚菜共生系統(tǒng)中，由于頻繁施肥和飼料浸泡在水中，可能會導致土壤污染和長期老化。